O projeto do SPI instituía a assistência leiga, procurando afastar a Igreja Católica da catequese indígena, seguindo a diretriz republicana de separação Igreja-Estado. A idéia de transitoriedade do índio (Oliveira, 1985) orientava esse projeto: a política indigenista adotada iria civilizá-lo, transformaria o índio num trabalhador nacional. Para isso, seriam empregados métodos e técnicas educacionais controlando esse processo, baseado em mecanismos de nacionalização dos povos indígenas. Os regulamentos e regimentos do SPI estiveram voltados para o controle dos processos econômicos envolvendo os índios, estabelecendo uma tipologia para disciplinar as atividades a serem desenvolvidas nas áreas. Era uma classificação que definia o modo de proceder e as intervenções a serem adotadas, disciplinando a expansão da cidadania.